当山の寺伝は、聖武天皇の天平三年（731 年）、行基菩薩がこの地に来られて一棟の建物を建て、
自ら本尊千手観世音菩薩を刻んで奉安したのが当寺の開祖であると伝えています。

二世海然大徳が深く密教の奥義を究め、種々の法験を現じたので多くの寺院がこぞって、この時代から真言宗に附嘱することとなりました。
また、古来より有名な当山の龍池弁財天もこの頃に勧請され、さらに牛頭天王（今日の神田八坂神社の祭神）の降臨したのは、円融天皇天元二年（979 年）五月と伝えています。

戦国時代、天正六年（1578 年）十月、伊丹城主荒木村重が織田信長にそむいたとき、常福寺衆徒もこれに同心籠城したという流言があり、信長は激怒し、翌七年十月、伊丹城落城のときに常福寺を焼き払い、僧徒に与えられていた豊島・能勢両部の領地七ヶ所および荘園内の田地をことごとく没収しました。
寺僧たちは焼け跡に三棟の草庵を建て、雨露の難儀を嘆きつつ本尊を守護しました。
その後、池田光重がこの地に居城すると、当山の衰退を嘆き復興に尽力しました。
常福寺中坊跡薮一圓令免除候也　慶長七年（1602 年）三月十七日　池田弥右衛門光重」という自筆の寄付状が現存しています。
その後、本堂再建の旨沙汰があり、当時の珠徳院重海西福院秀尊玉蔵院景範たちは「歓喜踊躍す」と書かれています。
慶長十一年（1606 年）正月、本堂が完成し、願主光重より仏供料として年々五十石が下され、また毎月本尊宝前において法楽の能が催されたと伝えられています。
江戸時代に入り、天和二年（1682 年）新たに鐘楼が完成し、当時来朝していた中国黄檗の僧高泉が筆を振るい鐘の名前を刻しました。
幕末にいたって、寺の勢いは徐々に衰退し、明治に入って前記塔頭寺院三ヶ寺も次々に本山である常福寺に帰入し、三・四の末寺なども廃減してゆきました。
中興孝順和尚（明治三十六年より昭和二十八年一月まで住職）が、檀信徒の協力を得てこれらの旧伽藍を整備統合し、現在の常福寺の姿になりました。